Minakata Jin, bác sĩ khoa Ngoại Thần kinh thời hiện đại, trong lúc đang làm phẫu thuật cấp cứu cho bệnh nhân bị thương ở đầu, đã phát hiện ra một khối u não có hình dạng bào thai và đã lấy nó ra. Sau khi phẫu thuật, Jin nghe một giọng nói kỳ lạ thì thầm với anh: “Trả tôi về chỗ cũ đi”. Thêm vào đó, bệnh nhân được anh phẫu thuật có ý định bỏ chạy.

Trong lúc giằng co với bệnh nhân đó, Jin bị cuốn về cuối thời kỳ Mạc phủ. Là một bác sĩ thời hiện đại cùng với dụng cụ y khoa hiện đại, liệu y thuật của Jin có được chấp nhận ở cuối thời kỳ Mạc phủ hay không?